Последним достроенным зданием комплекса Цицернакаберд стал открытый в 1995 году на другом конце парка — Музей Геноцида (архитекторы Калашян Сашур и Мкртчян Людмила). Тогда отмечалось 80-летие геноцида армян. Музей почти целиком находится под землёй и состоит из двух этажей (площадью 2000 м²).
На верхнем этаже расположены полукругом три зала, содержащие экспозицию из документов и фотографий, раскрывающих историю подготовки Турции геноцида армян.
Так же в музее представлены некоторые снимки, сделанные германскими фотографами (в том числе Армином Вегнером) и их публикации. Недалеко от музея находится аллея, где иностранные государственные деятели сажают деревья в память о жертвах геноцида.
В музее представлены материалы различных международных организаций, государственных органов, осудивших геноцид.
Поскольку музей является также научным центром изучения истории геноцида армян в музее расположены зал для конференций, рабочие комнаты, помещения для библиотеки и хранилища документов.